軍艦旗(FIAV符号:)是軍艦悬挂以表示所屬海軍的海上旗幟,同时亦表明了船只的军用身份,通常在艦尾或主桅悬挂。在航行及日出至日落的停泊期间均会悬挂军舰旗。部分国家的海军在作战中往往会同时在桅杆上悬挂几面船旗,因为传统上认为降下船旗代表投降[1]。
根据《聯合國海洋法公約》第20條约定潜水船及其他水中航行機器,在沿岸國的領海時必須在海面上航行並懸掛起所屬的旗幟。对潛艇而言,如懸掛起軍艦旗則與其他軍艦無異,在沿岸國的領海時無損其通航權。
政府船只(如海岸警卫队)及商船另有设计商船旗,若干海军另有制定舰艏旗,悬挂在舰艏。