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Les champignons désignent un ensemble important d'organismes eucaryotes avec des caractéristiques morphologiques, écologiques ou évolutives communes. Le terme « champignon » connaît plusieurs sens selon le contexte dans lequel il est utilisé.
l'appellation « Champignon » s'applique en français à plusieurs taxons distincts.
Taxons concernés
Parmi les Eucaryotes, les membres du règne fongique (Fungi) et plusieurs lignées distinctes de protistes fongiformes (Protista) (voir texte).Dans la langue courante, le mot désigne le sporophore des macromycètes, c'est-à-dire la partie visible qui constitue l'appareil reproducteur des champignons dits « supérieurs » et dont la silhouette la plus typique a la forme d'un parasol. Ces champignons sont connus du grand public surtout à travers l'opposition entre champignons comestibles et champignons vénéneux, ainsi que pour leurs usages médicinaux et leur représentation dans l'art et la littérature.
Dans un sens plus étendu, en sciences naturelles, on désigne comme champignons tous les membres du règne fongique (Fungi), c'est-à-dire des organismes vivants distincts, notamment, des animaux et des plantes. Ce règne englobe autant les champignons macroscopiques formant des sporophores que divers micro-organismes comme les levures, les moisissures, les agents de maladies fongiques (phytopathogènes, mycoses), les champignons aquatiques, ou encore les lichens (organismes composites résultant de la symbiose entre un champignon et une algue verte ou une cyanobactérie). Sa diversité a été revue à la hausse au XXIe siècle et engloberait plusieurs millions d'espèces, pour la plupart encore inconnues.
La taxinomie et la systématique des champignons sont en perpétuelle évolution, et certains groupes désormais exclus du règne des Fungi sont encore souvent désignés comme champignons dans la littérature en français. Il en est ainsi des « champignons-algues » (Phycomycètes) et des champignons amiboïdes (Myxomycètes), que les classifications basées sur les similarités associaient aux champignons « vrais » (Eumycètes). Ces organismes proviennent en réalité d'une multitude de lignées évolutives distinctes sans liens de parenté avec le cœur du règne des Fungi. Ils sont disséminés dans l'arbre phylogénétique des Eucaryotes aux côtés d'autres organismes anciennement considérés comme des protozoaires ou des algues et la nomenclature utilisée précédemment pour les regrouper est devenue caduque dans la majorité des cas. Ces protistes fongiformes restent cependant étudiés par les mycologues et sont traités dans la plupart des manuels de mycologie, quoique dans des chapitres distincts.